Permainan akan menampilkan ketiga-tiga watak-watak utama siri 'setakat ini: Ezio Auditore de Firenze, Altair Ibn La-Ahad dan Batu Desmond. Ia akan mengambil Ezio Uthmaniyyah Constantinople pada tahun 1511 AD, yang terdiri daripada keempat-empat daerah: Constantin, Beyazid, Imperial, dan Galata; Cappadocia semasa kebangkitan Empayar Uthmaniyah, bahagian yang akan menjadi sebuah bandar bawah tanah penduduk semata-mata oleh Templar; dan Masyaf, yang memegang kubu kuat yang Assassins lama '(yang diketengahkan dalam permainan Creed yang Assassin pertama.) untuk yang Ezio bergerak pada awal permainan. [9] Beliau mendapati Altair telah dimeteraikan dalam kubu 1 artifak kuno yang adalah berkata untuk menjadi senjata kuat yang boleh menamatkan Templar dan perang Assassin selama-lamanya, dan telah tersembunyi kunci di Constantinople. Ezio menggunakan peninggalan tamadun pertama yang memegang kenangan Altair Altair mengenang kembali pengalaman, di mana pemain akan mengawal Altair. Permainan ini juga akan terus cerita Desmond dalam hari yang moden, berikutan peristiwa Ikhwan, di mana dia akan terperangkap dalam kebencian, dlm keadaan pengsan, [11] di mana beliau telah menemui mod selamat yang dikenali sebagai Bilik Hitam. Dalam Bilik Hitam, Desmond perlu mencari memori utama yang menghubungkan dia dengan Altair dan Ezio mengintegrasikan minda bawah sedar sudah berpecah dan sadar kembali. Walaupun dalam permainan Ezio akan bertemu dengan pelbagai watak-watak sejarah, termasuk Manuel Palaiologos, waris kepada kini telah hilang empayar Byzantin, Byzantium Templar yang akan mengintai dalam bayang-bayang Constantinople, Prince Suleiman, seorang lelaki yang satu hari nanti akan menjadi salah satu daripada Sultan Empayar Uthmaniyyah dan bapa saudaranya, Putera Ahmet.
Ceritasekali lagiciri-ciriEzioAuditoredaFirenze, kiniAssassinMasterlegenda, kerana beliauberusahauntuk membina semulaIkhwanAssassindi Rom, dengan membawakeluargaTemplarzalim,Borgia, danmenjadikanbandar ini menjadikekayaan yangsebenardantertanya-tanya. Renaissance.
Menggunakan Animus 2,0Desmond Milescubamenghidupkan kembalisalahsatukenangan-an moyang, EzioAuditore, dengan harapan bahawaiaakan mendedahkanlokasiApple of Eden, yang membolehkan merekauntuk mencegahbencanayangdiramalkan. Walaubagaimanapun, bukanmemasukimemoriyangditetapkandalam1507, dia terpaksake dalam satuyang berbeza, yang berlaku semasapertempurandiViana. Dari situ, sebagaiEziomemandang kepadaVianamengepungIstana, diateringatperistiwayangserupapengepunganMonteriggioni, kemudiannyamemaksaDesmondke belakang, ke dalam ingatandaripada1499.
Sebagai Ezio meninggalkan Vault di bawahnya Vatican selepas mendengar mesej Minerva, beliau mendapati bahawa Rodrigo Borgia telah hilang. Menyedari terlalu Kakitangan yang telah ditinggalkan, dia cuba untuk mengekstrak dari di mana ia telah impaled ke lantai, namun ia diturunkan dan dimeteraikan dari. Mario Auditore kemudian memanggil kepadanya dari pintu masuk, dan dia dan Ezio berjuang cara mereka keluar dari Vatican. Ezio, tidak mampu untuk memutuskan sama ada atau tidak untuk membuang Apple ke dalam Sungai Tiber, memberi kepada Mario bagi penyimpanan selamat. Kedua-dua kemudian menunggang kembali ke Monteriggioni di atas kuda. Walau bagaimanapun, Ezio tidak lama lagi mengetahui bahawa ancaman Templar telah berkurangan sedikit, apabila Cesare Borgia, anak Rodrigo Borgia, mengepung Monteriggioni. Cesare tentera askar, menara, dan meriam yang diserang berkuat kuasa sepenuhnya, memusnahkan banyak bandar dan villa. Serangan berakhir dengan Monteriggioni dalam runtuhan, Ezio cedera teruk oleh arquebusiers, dan Mario dibunuh oleh Cesare sendiri. Walaupun Ezio cuba untuk mengikuti pembunuh bapa saudaranya di atas kuda, beliau pengsan di atas jalan raya ke Rom dari kecederaan beliau. Pada ketika itu, Desmond bangun dari kebencian yang ditempatkan di belakang Assassins 'van, mereka telah tiba di Auditore Villa in moden Monteriggioni, safehouse terakhir mereka di Itali. Lucy Stillman menjelaskan bahawa mereka perlu untuk memulihkan Ezio, Apple Eden, kerana dia disyaki bahawa Minerva telah diubah entah bagaimana apabila dia telah disentuh dalam Bilik Kebal itu. Desmond, Lucy, Shaun dan Rebecca kemudian menuju untuk Villa, mencari keselamatan Sanctuary bawah tanah, yang akan memastikan mereka tersembunyi dari menara sel Abstergo. Walau bagaimanapun, sebagai pintu telah dikunci, Desmond dan Lucy meninggalkan untuk mencari cara lain. Selepas membuat cara mereka melalui laluan rahsia bahawa Ezio dan rakyat telah digunakan untuk melarikan diri dari serangan Borgia, mereka membuka jalan untuk Shaun dan Rebecca.
Di dalamTanah Haram, DesmondmenyaksikanEzioberumurdisebabkan olehKesanyangPendarahan, dandisimpulkanbahawa diamestikembali kevillatahunselepas serangan, walaupununtuktujuanyang tidak diketahui. Beliau jugamenemui satusimbolbahawaEziotelahdilukisdi dindingdan, menggunakan EagleVisi, melihatsatu sirinomboryangtersembunyidi bawahnya.
Empat daripada mereka, makamenubuhkan2.0kebencian, danDesmondkembalikepadakenanganEzio, denganLucymempercayai bahawapeningkatanpenyegerakandenganEzioakan membenarkanDesmonduntuk mengaksesmemoriyangmendedahkanlokasidari Apple.
Ezio kembali kesedaran dalam sebuah rumah kecil di Rom, di mana wanita yang telah cenderung kepadanya memberitahunya bahawa seorang lelaki telah membawa beliau di sana, dan telah membekalkan beliau dengan perisai dan pakaian baru. Selepas meninggalkan rumah dan menerima ubat dari doktor, Ezio kiri untuk bertemu dengan Niccolò Machiavelli. Melalui Machiavelli, dia mendapati bahawa Rom rosak, dan bahawa rakyat yang ditindas oleh Borgia. Kemudian, beliau juga akan tersandung seluruh Pengikut Romulus, dan meneroka salah satu lairs mereka, Palace Golden Nero. Mendasarkan dirinya pada Tiber Island di pusat bandar, Ezio memulakan misinya untuk membersihkan bandar pengaruh Cesare dan jeneral. Untuk berbuat demikian, Ezio menubuhkan semula hubungan antara Guild Assassins dan persatuan lain di bandar raya ini, iaitu bahawa Courtesans (diterajui oleh Madonna Solari, dan kemudian Claudia Auditore), Pencuri (diterajui oleh La Volpe) dan Mercenaries (diterajui oleh Bartolomeo d'Alviano). Ezio kemudian mula membina semula Ikhwan oleh Perantis merekrut, yang terdiri daripada kedua-dua warga yang mengalami masalah yang ingin membebaskan kota mereka, dan Assassins baru muda, seperti Francesco Vecellio. Selepas rekrut telah menamatkan latihan mereka, dia meletakkan mereka dalam pasukan dan menghantar mereka pada misi di seluruh Eropah. Ezio kemudian mula untuk memecahkan pengaruh Borgia di Rom dengan memusnahkan menara beberapa Borgia dan ketua-ketua mereka. Beliau juga disabotaj angkatan Cesare dengan menyerang senjata mereka, pembiayaan ketenteraan, dan sokongan mereka daripada kuasa-kuasa Perancis. Untuk berbuat demikian, dia memusnahkan mesin perang Leonardo da Vinci, dan membunuh dua jeneral utama Cesare, Banker beliau, Juan Borgia, dan jeneral Perancis, Octavian de Valois. Selepas itu, beliau dimaklumkan bahawa Pietro Rossi, seorang pelakon dan mainan cassandra Borgia, memiliki kunci untuk Sant'Angelo Castel. Mengetahui bahawa beliau akan perlu untuk membunuh Cesare dan Rodrigo berjaya, Ezio mengekori selepas Micheletto Corella, pembunuh peribadi Cesare, yang telah dihantar untuk membunuh Pietro. Selepas Ezio telah selamatkan dia, kedua-duanya dari ditikam dengan tombak semasa bermain beliau, dan dari penyakit racun, Pietro menyerahkan Assassin kunci kepada Castello. Setelah selesai tugas-tugas ini, Ezio Diangkat Claudia ke dalam Perintah Assassin, dan juga telah dipilih oleh Machiavelli akan Mentore Il Ikhwan.
Lucy pulangan dan pecah Desmond daripada Abstergo. Dia dibawa ke tempat persembunyian dan diperkenalkan kepada sekutu Shaun Assassin dan Rebecca, serta versi yang dikemas kini dari kebencian. Mengetahui apa yang menjadi taruhan, Desmond sukarelawan untuk memasuki kebencian sekali lagi, dan meneroka kenangan Ezio Auditore da Firenze, seorang bangsawan muda dari 1476 di Florence, Republik Florence. Beliau berharap untuk mendapatkan kebolehan Ezio melalui Kesan Pendarahan supaya dia boleh membantu Assassins. Bapa dan saudara-saudara Ezio disempurnakan oleh tangan Uberto Alberti, seorang pegawai rasuah dalam liga dengan Templar. Ezio membunuh Uberto membalas dendam, dan selepas melarikan diri dengan ibu dan adiknya ke villa mereka di desa Tuscan, dia belajar warisan Assassin beliau dan mula latihan di bawah Mario bapa saudaranya. Ezio juga berkawan tempatan pencipta Leonardo da Vinci, yang membantu Ezio dengan kerja oleh penyahkodan 1 codex disulitkan yang mengandungi memoir Altair, serta rancangan untuk senjata pembunuh maju. Sebagai Ezio melihat mereka dengan Eagle Visi, tiga puluh halaman codex datang bersama-sama untuk membentuk peta tersembunyi dalam peti besi di seluruh dunia. Sepanjang dekad Ezio assassinates pengkomplot yang terlibat dalam kematian bapanya, meninggalkan Rodrigo Borgia, seorang bangsawan dan Templar yang telah Apple Eden yang diambil dan pusat konspirasi. Ezio dan lain-lain Assassins menebus semula Apple Eden, tetapi Borgia melarikan diri. Ezio adalah secara rasmi Diangkat sebagai Assassin, dan diberitahu bahawa dia boleh menjadi seorang nabi seperti yang diterangkan di codex. Sepanjang Desmond permainan mengalami beberapa kejadian luar biasa. Pertama, dia mendapati glyphs pelik nampaknya yang ditinggalkan oleh subjek ujian sebelumnya (Siapa yang mati kerana kakitangan Abstergo meninggalkan dia dalam kebencian terlalu lama), serupa dengan simbol-simbol yang dilihat pada Abstergo, yang menyembunyikan rahsia sejarah dunia. Beliau kemudian impian untuk muncul sebagai Altair lagi, mengejar Maria, Templar dia sebelum terlepas, dan kemudian romanced dia. Akhir sekali, kenangan beberapa dilangkau, membuang garis masa hadapan dengan lebih daripada satu dekad ke Vatican, di mana Borgia kini tinggal sebagai Pope Alexander VI. "Dilangkau" kenangan boleh didapati sebagai kandungan yang boleh dimuat turun, dan berurusan dengan Pertempuran Forli dan unggun api mengambil kebendaan yang hina. Borgia kini Paus dan mempunyai dalam milikan Staf Paus, satu lagi Piece of Eden. Dia cuba untuk digunakan untuk memasuki peti besi bahawa nabi seperti yang diterangkan dalam codex mesti masukkan. Ezio memintas Borgia, tetapi alat ganti nyawanya, dan memasuki peti besi sendiri. Beliau menghadapi hologram seorang wanita, yang mendakwa pernah dikenali sebagai Minerva, dan yang juga mendakwa datang dari tamadun yang ahli-ahli juga dilihat dalam cahaya yang sama oleh orang-orang purba. Minerva memberitahu bencana hebat yang menimpa dan memusnahkan tamadun beliau, dan memberi amaran bahawa ia akan berlaku lagi tidak lama lagi. Bercakap secara langsung kepada Desmond, dia memberitahu dia "Selebihnya terpulang kepada anda," meninggalkan Ezio sangat keliru. Desmond ditarik keluar kebencian sebagai Abstergo terletak tempat persembunyian mereka. Dia, Lucy dan pasukan yang lain berjaya melarikan diri ke keselamatan, dan tidak lama lagi bersedia untuk kembali Desmond yang kebencian untuk mencari petunjuk yang boleh membantu mereka.
Kenangan Altair diminta oleh Abstergo dalam usaha mereka untuk mencari Piece Eden. Altair, masih di Yerusalem, usaha untuk Bait Salomo untuk menghadapi ikut dlm perang salib Robert de Sable dan mengambil Piece of Eden Al Mualim, ketua-Assassins. Mengkhianati rukun banyak Creed-Assassins dan gagal misinya, Altair diturunkan kepada pembunuh upahan baru apabila kembali ke Benteng Assassin. Untuk menebus status beliau sebelum ini, Altair dihantar oleh Al Mualim membunuh sembilan sasaran dalam tiga bandar-bandar yang berbeza. Dengan membunuh sesama, Altair belajar terdapat sambungan antara sasaran; mereka semua bersatu Templar oleh Robert de Sable untuk mengambil alih Tanah Suci bebas dari orang Saracen dan tentera Salib, walaupun mereka semua tuntutan untuk mengejar matlamat yang mulia. Setelah membunuh kesemua sembilan sasaran dan mendapati bahawa sasaran kesembilan beliau sebenarnya perangkap, Altair menghadapi Robert di hadapan Raja Richard I dari England, pemimpin tentera Crusader. Altair memberitahu Richard Robert merancang untuk mengkhianati dan membunuh dia, yang menyebabkan dia untuk menggalakkan duel kematian antara Altair dan Robert. Richard kemudian percaya Altair. Apabila mati, Robert mengaku Altair bahawa mereka tidak sembilan, tetapi sepuluh Templar berkonspirasi untuk mengambil Piece of Eden. Kesepuluh Al Mualim, yang ingin menyimpan Piece of Eden untuk dirinya sendiri dan dengan itu dihantar daripada Altair membunuh yang lain. Kembali di Benteng, di mana Al Mualim telah mengambil alih minda rakyat dalam, Altair berjaya mengalahkan dan membunuh dia dalam perang tanding. Memori Abstergo mencari, yang terletak Piece of Eden, mendedahkan ia hanya salah satu daripada 28 yang bertaburan di seluruh dunia. Kembali pada tahun 2012, Abstergo menghantar satu pasukan untuk mendapatkan kembali sebagai Pieces sebanyak mungkin. Memutuskan mereka tidak perlu apa-apa lagi, mereka memberi arahan untuk membunuh Desmond. Lucy Stillman, seorang pekerja Abstergo yang diturunkan kepada Desmond bahawa dia Assassin menyamar, menyakinkan mereka tidak membunuh Desmond sehingga mereka mendapatkan Pieces, membeli masa dia. Desmond adalah meninggalkan sahaja dalam bilik yang kebencian, dan oleh penggunaan itu Wawasan Eagle Altair, yang diwarisi dari yang 'pendarahan kesan' yang disebabkan oleh itu kebencian, dia melihat simbol-simbol banyak dikeluarkan dalam darah pada dinding di dalam biliknya dan di lantai makmal. Simbol-simbol ini mengandungi rujukan kepada akhir dunia dalam pelbagai bahasa.
